Em 1503, uma esquadra portuguesa para reconhecimento do litoral brasileiro sofreu um naufrágio em Fernando de Noronha. A terceira expedição naval se dispersou e, sob o comando de Américo Vespúcio, seguiu viagem até a Bahia e depois até Cabo Frio. Os expedicionários fundaram então uma fortaleza-feitoria com 24 cristãos para explorar o pau-brasil, que na época era abundante na margem continental da Lagoa de Araruama. Este estabelecimento comercial-militar pioneiro foi destruído pelos índios tupinambás em 1512. 

     Desde 1504 os franceses traficavam pau-brasil e outras mercadorias com os tupinambás. Este tráfico ocorreu durante as três primeiras décadas do século XVI, restrito ao litoral da região nordeste do Brasil. No entanto, a partir de 1540, em virtude de um rigoroso controle naval português no litoral nordestino, os franceses passaram a explorar os recursos naturais de Cabo Frio - região sudeste do país. Estes, em 1556, fizeram outra fortaleza-feitoria para exploração do pau-brasil, na mesma ilhota utilizada anteriormente pelos portugueses.  

     Hoje denominada Casa de Pedra, esta fortaleza-feitoria, construída um ano depois da fortaleza de Villegaignon na cidade do Rio de Janeiro, ampliou e consolidou o domínio francês no litoral sudeste.  

Guerra do Cabo Frio  

     Em 1575 o então governador do Rio de Janeiro, Antônio Salema, reuniu um exército português apoiado por uma tropa de índios catequizados, com o objetivo de acabar com o domínio franco-tamoyo que já durava 20 anos em Cabo Frio.  

    As tropas vencedoras enforcaram dois franceses, um inglês e o pajé tupinambá. Cerca de 500 guerreiros tamoyos foram assassinados a sangue frio e mais de 1500 índios escravizados. Além disso, entraram pelo sertão queimando aldeias, matando aproximadamente 10 mil índios e aprisionando outros. Os sobreviventes refugiaram-se na Serra do Mar e Cabo Frio transformou-se num verdadeiro deserto humano. Não houve interesse dos portugueses de colonizar Cabo Frio após este massacre, mas foi estabelecido um bloqueio naval com base na cidade do Rio de Janeiro.  
  
     Entre 1576 e 1615, franceses, ingleses e holandeses voltaram a freqüentar o porto de Araruama em busca do pau-brasil. Isto deu base à pirataria contra embarcações portuguesas que procuravam dobrar o cabo. Ainda neste período (1580), com a submissão de Portugal à Espanha, aumentou a presença destes navios que carregavam as bandeiras inimigas dos castelhanos.