A ocupação das terras onde viriam a se estabelecer as cidades da Região dos Lagos teve início há mais ou menos 6.000 anos. Isto pode ser comprovado a partir de diversos restos arqueológicos catalogados em toda a região.  

     De acordo com pesquisas científicas, esta ocupação se deu inicialmente numa pequena ilha rochosa denominada Morro dos Índios - na atual barra da lagoa de Araruama, às margens do Canal de Itajurú - onde foram encontrados fósseis de um pequeno grupo de nômades.  

Sambaquis  

     Na região existem diversos sambaquis (sítios arqueológicos). Muitos deles até hoje estão sem o devido cuidado, dificultando sua localização e visita turística. No entanto, podemos destacar a Praça do Sambaqui da Beira, primeira exposição arqueológica do Brasil, em Barra Nova ( Saquarema ).. Neste sambaqui é encontrado  material recolhido e catalogado por pesquisadores e estudantes de universidades brasileiras.