Como resultado do apoio entusiástico da Câmara de Cabo Frio à Independência do Brasil, em 1822, o governo imperial enviou à região o major-engenheiro Bellegard, com a missão de construr um farol na ilha de Cabo Frio, para evitar naufrágios como o da fragata 'Thetis". O major levantou também os pegões da futura ponte sobre o Canal de Itajurú, instalou um telégrafo, desobstruiu a barra nova e fechou a velha, preservando o antigo porto da barra. Por conta própria, Bellegard e outros cidadãos levantaram o prédio da Charitas, destinado a abrigar e educar recém-nascidos de mães solteiras pobres, que eram deixados anonimamente numa roda na porta à noite e eram então recolhidos. 

     Em 1847, D. Pedro II fez uma visita à cidade, estreitando as relações especiais que Cabo Frio mantinha com o governo imperial. Nesta ocasião foi doada uma quantia para a construção da cobertura da Fonte do Itajurú e outra para a Charitas, a fim de facilitar sua manutenção e instalar uma enfermaria, que mostrou ser de grande utilidade por ocasião das devastadoras epidemias de febre amarela e varíola que assolaram a região neste século. O Imperador visitou ainda as Salinas Perynas, estabelecimento-modelo incentivado por ele próprio. A salina era de propriedade do alemão Lindemberg, que colocou em prática novos métodos para produtos minerais, dando início ao moderno parque salineiro de Araruama. 

O comércio de escravos negros  

     Duas questões relativas ao comércio de escravos africanos estremeceram a região ao longo do século XIX. A primeira refere-se ao crescimento das fugas, assassinatos de feitores e rebeliões de negros, resultando na formação de quilombos que sobressaltavam os senhores brancos, apesar da ação dos capitães-do-mato. A segunda diz respeito à proibição do tráfico transatlântico de escravos e o contrabando que dele derivou. As praias do Peró, em Cabo Frio, de José Gonçalves e da Rasa, em Búzios, tornaram-se pontos de desembarques clandestinos deste comércio humano. A marinha inglesa, em desrespeito às leis brasileiras, promoveu repressão ao tráfico, chegando a apreender navios negreiros na costa brasileira e desembarcar fuzileiros em Cabo Frio e Búzios.  

     No final do século XIX, a barra e antigo porto de Araruama recebeu novos melhoramentos por iniciativa do governo imperial, dando passagem a navios maiores e tendo ancoradouro ampliado. Alguns assoreamentos do Canal do Itajurú foram dragados e canalizados, por iniciativa particular do engenheiro francês Léger Palmer, permitindo a ampliação da carga e a navegação mais eficiente dos vapores e veleiros que transportavam a grande produção de sal para os armazéns da cidade. A captura e a salga do pescado e do camarão mantiveram-se estáveis, da mesma forma que a manufatura de telhas, tijolos e taboados. O surgimento da construção naval e da indústria da cal - feita com conchas da lagoa - abriram novas perspectivas econômicas para a região.  

O fim da escravidão  

     A abolição da escravatura em 1888 (e a conseqüente proclamação da República no ano seguinte), desorganizou algumas atividades produtivas da região. A agricultura do café viu-se substituída pela pecuária em pequena escala. Os ex-escravos da zona rural reagruparam-se e fundaram uma povoação na Praia da Rasa, em Búzios, passando a trabalhar na pesca e na horticultura, enquanto os escravos da Cidade de Cabo Frio tomaram posse e fundaram a povoação da Abissínia, futuro bairro da Vila Nova, trabalhando no fornecimento de carvão vegetal aos antigos senhores. Entretanto, a produção do sal - o mais notável recurso natural da região - não foi afetada. A substituição nas salinas do trabalho escravo pelo de imigrantes portugueses do Aveiro trouxe técnicas artesanais consagradas, resultando no aumento da quantidade e da qualidade da cristalização marinha artificial em Araruama.